自然流产与人工流产，药物流产等人工干预流产相比，多因早期流产所致，如黄体功能不健全，母亲甲状腺功能不健全，机体不正常等。
晚期流产的病因，多是宫颈内口松弛，子宫畸形，子宫肌瘤等，或并发其他妈妈患有内外病。 此时妊娠自然结束，即宫腔中的妊娠组织物自然流出称为自然流产。
也有生化妊娠者，如初期机体有异常情况，尚未在宫腔内形成胎囊时即有流产，此时称为自然流产。
如胚胎发育良好，通过如增加体育运动，剧烈运动，蹦蹦跳跳等，甚至与家人争吵等方式增加了这一精神因素，会使先兆流产患者增加流产几率，但又不会通过剧烈运动或进食特殊食物而使自然流产，这通常疗效不佳。
打掉孩子对女人的危害:
药流若进行药流虽然疼痛较轻，但药流若不完全，子宫内胚胎就无法去除，最终不得不进行刮宫手术治疗，这就有可能导致宫腔感染和子宫内膜易受损。 若做人流，术中反复钳取子宫内膜，致使子宫壁薄，内膜少，易引起出血、宫腔感染、子宫穿孔、月经失调、闭经、子宫内膜异位甚至不孕不育，人流次数愈多危害愈大。
事实上，手术流产和药流都是避孕失败后的补救措施而已，决不能把它们当作避孕方法来使用，因此女性为了身心健康应重视采取避孕措施以防意外怀孕。