诱发子宫内膜异位病因目前尚无定论。目前普遍认为其为异位种植所致，或体腔上皮分化，遗传，免疫调节异常及炎症。
1.异位种植
妇女来经后，子宫内膜腺上皮及间质细胞会随着经血逆流通过输卵管流入盆腔内，植入卵巢及相邻盆腔腹膜内，在该部位不断生长，扩散，构成盆腔内异症。子宫内膜还可经淋巴和静脉远播而异位种植。临床所见距离盆腔较远的脏器如肺部，四肢皮肤及肌肉出现子宫内膜异位可能是内膜经血液循环及淋巴播散所致。
2.遗传因素
子宫内膜异位症（EMs）有一定程度家族聚集，部分病人发病可能和遗传相关。子宫内膜异位症（EMs）母亲和姊妹比没有家族史的人患病危险高七倍。
3.免疫和炎症因素
免疫调节异常在子宫内膜异位症（EMs）发生，发展各个环节中都发挥着重要功能，具体表现在免疫监视功能，免疫杀伤细胞毒作用降低但无法有效地去除异位子宫内膜。子宫内膜异位症（EMs）与腹膜炎等一些炎症相关，其特征是腹腔液内巨噬细胞，炎性细胞因子，生长因子和促血管生成物质的增多，进而促进异位内膜的生存，增殖及引起局部纤维增生和粘连。
4.其他因素
环境因素还可能增加子宫内膜异位症（EMs）的发生率，并发现二噁英可增加妇女罹患内异症（DTs）的危险性。血管生成因素还会引起子宫内膜异位症，腹腔液血管生长因子升高，会使盆腔内微血管增长增多，诱发子宫内膜异位病。另外异位内膜细胞凋亡的减少可能和疾病进程有一定关系。