苦瓜营养价值极高，含有多种营养成分，富含维生素B1，具有预防和治疗脚气病，维持心脏正常功能，促进乳汁分泌和增进食欲等作用。苦瓜所含的维生素c是菜瓜、丝瓜的10～20倍，具有预防坏血病，保护细胞膜，解毒，防止动脉粥样硬化，抗癌，提高机体应激能力，预防感冒，保护心脏等作用。苦瓜中含有类似胰岛素的物质多肽-P，有降低血糖的作用。
中医认为，苦瓜具有清热消暑、养血益气、补肾健脾、滋肝明目之功效，对治疗痢疾、疮肿、热病烦渴、中暑发热、痱子过多、眼结膜炎、小便短赤等病有一定的作用。因苦瓜性寒，故脾胃虚寒者不宜多食。
另外，苦瓜内含有奎宁，奎宁会刺激子宫收缩，引起流产。所以有人主张，孕妇不宜吃苦瓜。虽然奎宁在苦瓜中的含量很少，孕妇适量吃点并无无碍，但是，为了慎重起见，孕妇还是少吃苦瓜。